Sejarah program Magister di IAIN Langsa tidak terlepas dari transformasi besar institusi ini melalui Peraturan Presiden RI Nomor 146 Tahun 2014 yang mengubah statusnya dari STAIN menjadi IAIN Langsa. Seiring dengan pengembangan fasilitas dan akademik pasca-perubahan status tersebut, Program Pascasarjana IAIN Langsa resmi diluncurkan pada tanggal 24 Mei 2017 sebagai jawaban atas tingginya aspirasi masyarakat di wilayah Aceh Timur Raya akan pendidikan tingkat lanjut di bidang keagamaan.
Pada awal pendiriannya, program ini langsung mengelola tiga program studi strategis, yaitu Magister Pendidikan Agama Islam (PAI), Magister Hukum Keluarga Islam (Ahwal Al-Syakhshiyyah), dan Magister Hukum Ekonomi Syariah (HES). Sejak saat itu, Pascasarjana IAIN Langsa terus berkomitmen mencetak lulusan yang mampu menyelesaikan studi secara tepat waktuโbahkan dalam waktu 1,5 tahunโdengan integrasi nilai-nilai keislaman dan keilmuan yang relevan. Kini, melalui portal resmi PMB IAIN Langsa, institusi ini secara konsisten membuka kesempatan bagi para akademisi untuk mendalami kajian keislaman di tingkat magister dengan kurikulum yang kompetitif.